De Kleine Kreek loopt van Zuidzijde naar Den Bommel. Bij de dorpskern komen de Kleine en de Groote Kreek samen om 200 meter verderop met elkaar in de haven te stromen. Zoals alle kreken op Goeree-Overflakkee was de Kleine Kreek ooit een getijdengeul in het veenmoeras. Na de inpoldering tussen 1526 en 1530 kwam de geul binnen de dijk in de Bommelse polder te liggen. De Kleine Kreek is ongeveer 3 kilometer lang.

Bij Zuidzijde, een kleine nederzetting ten zuidwesten van Den Bommel, ligt een drassig natuurgebied. Hier ontspringt de Kleine Kreek. Vroeger gold dit moerassige gebied tussen de Bommelsedijk en de Lageweg als een ideale schaatsstek.

In warmere jaargetijden gebruikten boeren deze plek als weidegebied voor hun vee. Vanwege de drassigheid was akkerbouw immers niet mogelijk. Op de Zuid-Hollandse en Zeeuwse eilanden hebben deze lage, nattige oevergebieden een naam gekregen: eeuwkanten. Er loopt nog altijd vee rond in het gebied waar de Kleine Kreek begint.

De Kleine Kreek had ooit een fraai meanderende zijtak: de Kreek van Borgdorff. Die liep door tot de oude hoeve Zeldenrust aan de Groeneweg, vlakbij de rijksweg N59. Tijdens de ruilverkaveling in de jaren 90 van de vorige eeuw is de Kreek van Borgdorff vrijwel helemaal gedempt.

Vanaf de Lageweg loopt de Kleine Kreek noordwaarts door het open polderland naar het dorp Den Bommel. Een bedrijf op het bedrijventerrein Bosland gebruikt het water van de kreek om aardappelen te wassen. Naast de kreek zijn drie vijvers die als bezinkingsputten dienen.

Iets verder, achter de Voorstraat, komt de Kleine Kreek samen met de Grote Kreek. Het water stroomt vervolgens via een gemaal de haven in.